台灣血液基金會針對被質疑是國民黨產，遭黨產會調查案表示，醫療用血實非小事，不宜淪為政爭工具，影響基金會聲譽，基金會指出，自1990年成立以來，歷任董事長均為熱心公益及醫療領域學者專家，無關黨政色彩，基金會成員對於帶領台灣血液事業的從無到有，以及台灣醫療用血的不虞匱乏這樣的任務及使命，均勞心勞力，實有不可磨滅的貢獻；至於坐擁19筆房產，基金會指出是因法令要求基金會房舍不能用租的。
台灣血液基金會指出，基金會是一個依《醫療法》成立的醫療財團法人，不是政府機關，也非政府出資捐助成立的基金會；基金會接受社會各界、民間團體捐助捐血車、血袋等設備器材，特別是獅子會、扶輪社、同濟會等大型社團，以及佛光會等宗教團體，除了捐助設備外，更大力支持捐血活動。關於「基金會原始捐助來源為國民黨，應視為黨附隨組織，目前已由黨產會調查中」基金會強調，這是無稽之談。
基金會指出，為配合國家政策及醫療環境更加完善，自《醫療法》施行後，捐血事業定位為醫療保健機構，主管機關為衛生福利部；因此由「中華捐血運動協會」捐資成立了「財團法人中華民國捐血事業基金會」，並於1990年1月1日正式成立。而後，於1992年7月1日更名為「財團法人中華血液基金會」， 2004年10月18日再次更名為「財團法人台灣血液基金會」；2007年7月行政院衛生署公告「醫療財團法人及其設立醫療機構或其他附設機構命名原則」，依規定再次更名為「醫療財團法人台灣血液基金會」，並於2008年4月28日正式生效。
基金會強調，為了配合國血國用衛生政策，董事會組成即有一定比例的政府人員，目前台灣血液基金會的董事會組成包括4位由政府指派的董事，包括衛福部常務次長蔡森田、衛福部主任秘書王宗曦、衛福部疾管署署長周志浩、衛福部食藥署署長姜郁美及9位民間董事；當中包括位醫師、董事長葉金川、副董事長張上淳，台大醫學院院長羅光瑞，國家衛生研究院諮詢委員戴東原，台北仁濟院總院院長侯勝茂，藥師王鏡山、醫管專家楊漢湶（台灣醫院協會理事長），另有捐血團體代表吳伯雄，吳伯雄是國際佛光會中華總會榮譽總會長，基金會指出，佛光會重要的捐血團體，還有捐血146次的績優捐血人許明財，基金會指出，董事會的運作一切是透明的及公開的，且均依法接受政府的監督及指導。
關於基金會擁有自有房舍19處，基金會指出，是依行政院衛生署指示，為配合國家醫療政策、加強血液科技研究、提高醫療用血功能暨輸血安全，加上《醫療法》規定：「財團法人醫療機構，應有足以購置所需建築基地、房舍及必要設備之設立基金；其已有之土地、房舍合於設立醫療機構之用者，得抵充部分設立基金。」基金會認為，這規定是指基金會房舍，應不得以租用方式使用，所以基金會規劃近程、中程、遠程計畫。
基金會指出，身為專業醫療機構，每日處理大量血品，對於儀器設備的維護及作業環境的品質要求，特殊醫療屬性應具備自有房舍建置捐供血作業場所為宜，也才能符合國家要求，捐血機構需符合PIC/S GMP相關規定，自有作業場所對於血品品質及流程、作業規範的高規控管，是不可或缺的。
血液基金會指出，擁有的資產多數為捐血中心、捐血站、捐血室、捐血車等硬體設施，以及採血、檢驗設備儀器，且不斷改善相關設備及服務捐血人，這些均為永續及穩定捐供血的必要。